정부 세제개편안, 주택 수 구분 없애
가액 중심으로 과표 기준 일원화
장기보유특별공제 10억 원 제한

초고가 주택과 비거주 주택의 종합부동산세(종부세)를 올리고, 양도소득세 장기보유특별공제(장특공제)를 10억 원으로 제한한다. 또 종부세와 양도세를 산정할 때 보유 기간에 적용하던 공제를 거주기간 기준으로 바꾼다.

정부는 3일 이런 내용이 포함된 ‘2026년 세제개편안’을 확정해 발표했다. 개편안에는 주택 수에 따른 종부세 세율의 직접적인 차이를 없애고, 가액이 중심이 된 과세표준(과표)을 기준으로 일원화하는 계획을 담았다.

현재 1·2주택은 세율이 0.5~2.7%로 3주택 이상(0.5~5.0%)보다 낮지만, 2028년부터는 주택 수와 관계 없이 0.5~5.0%로 통일한다. 3주택 이상의 경우 과표 6억 원 초과 12억 원 이하 구간의 세율이 1.0%에서 1.3%로 오르는 것 외에는 세율 변동이 없다. 반면 1주택의 경우 6억 원이 넘는 5개 구간에서 모두 세율이 높아진다.

특히 초고가 구간은 대폭 상향된다. 현행보다 세율이 높아지기 시작하는 구간은 과표 6억 원 초과 12억 원 이하(1.0%→1.3%)인데, 현재 시가로 환산하면 1주택자의 경우 대략 33억 원이 넘는 아파트 보유자가 이에 해당한다.

12억 원 초과 25억 원 이하 구간(1.3%→1.5%→2.0%)은 2년에 걸쳐 0.7%포인트 높아진다. 1주택자라면 시가 46억 원이 넘는 아파트 보유자의 종부세가 가파르게 늘어나는 셈이다.

세율에서 주택 수 차이를 없앤 것은 초고가 주택 1채를 보유한 이들의 종부세가 합산액이 같은 집 여러 채를 보유한 이들보다 현격히 적어 형평성에 문제가 있다는 지적 등을 반영한 것이다.

세율은 주택 수보다는 합산 가액을 중심으로 재편된다. 다만 주택 수는 개편 후에도 세율에 간접적으로 영향을 미친다.

기본공제금액과 공정시장가액비율 등 세액을 좌우하는 다른 요소를 함께 개편한다. 비거주자와 다주택자는 거주자와 1주택자보다 불리해진다. 기본공제금액은 현재는 1세대 1주택자 12억 원, 그 외에는 9억 원이다. 내년부터는 1주택자도 거주용과 비거주로 구분해 각각 14억 원과 9억 원으로 차등화한다. 다만 종부세 납세 의무자를 1세대 1주택자의 경우 공시가격 14억 원(아파트 시가 약 20억 원) 초과자, 그 외 주택보유자는 공시가격 합계 9억 원(아파트 시가 약 13억 원) 초과자로 규정했다.

종부세 부담을 줄이는 요건도 변경하거나 축소한다. 1세대 1주택자는 보유기간(5년 이상)과 연령(만 60세 이상)을 기준으로 합계 80% 한도로 세액공제를 적용하고 있는데, 2028년부터는 보유기간 대신 거주기간을 적용한다. 아울러 세액공제 금액 한도(600만 원)를 새로 도입한다.

전년도 보유세(재산세+종부세)의 150%로 돼 있는 세 부담 상한은 내년부터 200%로 높인다.

장특공제는 공제 한도 ‘금액’을 도입해 양도차익에 비례해 공제액이 늘어나는 구조에 제동을 건다. 1년 유예를 거쳐 2028년 20억 원, 2029년부터는 10억 원을 한도로 삼는다.

양도세·종부세를 산정할 때 취학, 전근, 치료, 전학, 해외 체류, 부모 봉양 등 불가피한 사유로 거주하지 못한 기간을 거주 기간으로 인정한다. 조아미 기자