1988년 서울 서초구 내곡동에 육군수도방위사령부 화학대대를 모체로 수방사 화학단이 생겼다. 화생방 위협 대비 태세와 육군 개혁 일환으로 99년 육군화생방방호사령부가 만들어졌다.

9·11 테러 이후 화생방 대테러 작전, 육·해·공군 합동, 민·관·군 통합 작전 수행을 위해 2002년 2월 대통령령에 따라 국군화생방방호사령부가 창설됐다. 4개 참모부와 본부근무대, 23화학대대, 24화학특수임무대대, 화학방어연구소로 편성됐다.

2002년 한·일 월드컵과 부산 아시안게임, 2003년 대구 하계 유니버시아드의 완벽한 화생방 작전으로 국방부장관과 합참 전투력 발전 우수 부대 표창을 받았다.
부대 마크 중 국방 표지는 국방부 직할부대를 의미한다. 가운데 화학 표지 중 벤젠은 화학물질의 모체를 상징한다. 궤도는 물질의 기본 구성 입자를 나타내며 황색은 화학전, 청색은 생물학전, 백색은 방사능전을 뜻한다.